Hemliga organisationer & Spioner tar läsaren bakom kulisserna i en del av Sveriges moderna historia som länge var dold för allmänheten. Dokumentet skildrar hur hemliga underrättelseorganisationer som C-byrån, T-kontoret, Grupp B och Informationsbyrån (IB) växte fram under andra världskriget och kalla kriget, samtidigt som olika Stay-Behind-nätverk förbereddes för att kunna verka om Sverige skulle ockuperas.
Berättelsen behandlar också signalspaning, FRA, Sveriges hemliga förbindelser och förberedelser tillsammans med NATO samt Catalinaaffären, där en svensk DC-3 med signalspaningsuppdrag sköts ned av sovjetiskt jaktflyg 1952. Här möter vi en värld av hemligstämplade operationer, politiskt känslig verksamhet, övervakning och uppgifter som först långt senare blev kända.
Dokumentet avslutar bilden av denna dolda värld genom att även behandla spioner, hemliga handlingar, maskering och vilseledning samt olika metoder för att skydda känslig verksamhet. Sammantaget ger berättelsen en inblick i det hemliga Sverige – organisationerna, människorna och verksamheterna som under årtionden arbetade i skuggan av det officiella samhället.